Apparues il y a 1,5 milliard d'années lors de la formation d'eucaryotes photosynthétiques, ce groupe est à l'origine du règne Végétal et peut-être aussi de celui des Mycètes.
La classification s'appuie principalement sur la nature des pigments des algues. On distingue :
les Pyrrhophytes ou dinoflagellés. De couleur brune, leur paroi est formée par des plaques de celluloses sous la membrane plasmique. Elles font partie du phytoplancton et sont responsables du phénomène des eaux rouges. Certains dinoflagellés ne possèdent pas de pigments photosynthétiques.les Chrysophytes ou Algues Dorées. De couleur jaune à brune, ces algues font parties du plancton d'eau douce, leur paroi est composée de pectine imprégnée de silice.
Les Bacillariophytes ou Diatomées. De couleur jaune, brune ou verte, leur paroi est constituée principalement de silice formant un véritable squelette externe.
Les Euglénophytes. Ces algues flagellées vivent dans les eaux stagnantes. Leur paroi est constituée de plaques protéiques sous leur membrane plasmique. Certaines de ces algues n'ont plus de chlorophylle et peuvent alors être confondues avec des animaux.
les Rhodophytes ou Algues Rouges (Porphyra, Nemalion). Elles vivent principalement en eaux salées chaudes et peuvent se développer à de grandes profondeurs (jusqu'à 200 m). Leur paroi comprend de la cellulose mais aussi d'autres polysaccharides. Nombreuses espèces pluricellulaires.
les Phéophytes ou Algues Brunes ( Fucus, Laminaire). Ces algues vivent en eaux salées plutôt froides et se développent jusqu'à 20 m de profondeur. La paroi est également composée de cellulose, mélangée à d'autres polysaccharides. Nombreuses espèces pluricellulaires.
les Chlorophytes ou Algues Vertes (Codium, Caulerpes, Characées). Ces algues vivent dans la zone des marées, jusqu'à 10 mètres de profondeur. Leur paroi est uniquement composée de cellulose. Nombreuses espèces pluricellulaires.
Les trois derniers groupes peuvent encore être classés chez les Végétaux.
